El Palacio de Cortés fue construido por el conquistador Hernán Cortés a partir de 1526, a remembranza del Alcazar de Diego Colón en Santo Domingo especialmente en su fachada, logia, almenas y columnas; se trata de la construcción civil mas antigua de America continental y se levantó sobre un templete prehispánico dedicado a la recaudación de tributos.

Inicialmente fue residencia del conquistador, naciendo en el lugar su hijo Martin y albergaba, además, espacios dedicados al teñido de seda, panadería, molino, huerto y caballeriza. Posteriormente tuvo diversos usos como carcel, donde estuvo preso José María Morelos y sede de oficinas gubernamentales, hasta constituirse como Museo Cuauhnahuac.

De su estructura original permanecen sus terrazas y columnatas de perlas isabelinas. El torreón y reloj fue una de las ultimas adiciones.

Frente a su fachada se han dejado al descubierto el templete prehispánico y se colocaron los monolitos del lagarto de San Anton, del chimalli o escudo y del Aguila.

En 1930 Diego Rivera pinto el mural sobre la historia de Morelos.